По федеральным научным программам выполнялись и выполняются следующие проекты:

• МНТП Научное приборостроение 1999-2000: Система дистанционного доступа к информационным и техническим ресурсам;
• РФФИ 99-07-90335-в: Создание информационной системы САО РАН для организации астрофизических наблюдательных данных;
• РФФИ 00-07-90014-в: Система диспетчеризации ресурсов открытых в Интернет сложных комплексов фундаментальной науки;
• РФФИ 00-07-90014-в: Удаленный доступ к наблюдательным комплексам и архивам наблюдательных данных ГНЦ САО РАН;
• ФЦП Интеграция: УНЦКП Наземная астрономия;
• Общесоюзные целевые программы 0.80.16.01.13 и 0Ц.027: Создание и ввод в эксплуатацию автоматизированных систем обработки данных радиоастрономических исследований на телескопе РАТАН-600;
• РФФИ 01-07-90164: Создание научно-образовательной сети в регионе Карачаево-Черкесия – Ставропольский край;
• РФФИ 03-07-90032-в: Разработка открытого в Интернет Банка данных САО РАН как федерации локальных архивов;
• РФФИ 03-07-90045-в: Разработка проекта распределенной системы, объединяющей астрономические информационные и инструментальные ресурсы России;
• РФФИ 04-07-90083-в: Разработка принципов и основ информационного взаимодействия в инфраструктуре Российской Виртуальной Обсерватории (РВО);
• РФФИ 05-07-90413-в: Методы организации решения задач над множественными распределенными неоднородными источниками информации;
• РФФИ 06-07-89084-в: Разработка средств анализа астрономических баз данных методами когнитивной визуализации;
• РФФИ 06-07-89211-в: Разработка географически распределнной гетерогенной системы мониторинга ближнего и дальнего космоса;
• 06-07-08062-офи: Применение grid-технологий и ресурсов виртуальной обсерватории для классификации и исследования радиоисточников;
• 06-07-89188-а: Методы и средства поддержки архитектуры предметных посредников в инфраструктуре AstroGrid для Российской Виртуальной Обсерватории;
• РФФИ 07-07-12007-а: Разработка архитектуры головного узла сети малых телескопов на базе НИВЦ МГУ;
• РФФИ 07-07-00415: Реинжениринг наблюдательных данных для подготовки архивного ресурса, совместимого со стандартами виртуальной обсерватории;
• РФФИ 07-07-07211: Разработка технологии информационного анализа данных, от вспомогательных телескопов для исследования орбит малых тел Солнечной системы;
• РФФИ 08-07-12024-офи: Исследование и развитие технологии когнитивной визуализации для анализа больших объмов экспериментальных данных;
• РФФИ 09-07-00320-а: Разработка методов исследования списков радиоисточников с помощью программных средств виртуальной обсерватории над набором астрономических ресурсов;
• РФФИ 10-07-00342-а: Создание методов и средств определения концептуальных моделей предметных областей в научных исследованиях и поддержки решения научных задач на основе предметных посредников в гибридной грид-инфраструктуре;
• РФФИ 10-07-00412-а: Информационная система для интегрирования и актуализации данных по многочастотным обзорам неба с целью исследования родительских галактик радиоисточников;
• РФФИ 11-07-00108-а: Разработка потока веб-сервисов для автоматической координатной привязки прямых изображений и каталогизации выделенных объектов;
• РФФИ 12-07-00503-а: Сервисно-ориентированная распределённая информационная система поддержки научных исследований в астрофизике;
• РФФИ 14-07-00361-а: Разработка методов интеграции информационных систем поддержки наблюдательного цикла с целью реализации science-ready ресурса архива наблюдений.